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瓜迪奥拉在拜仁执教并没有赢得欧洲冠军联赛奖杯。而且连续三次都是止步于欧冠半决赛。
2013年1月16日，拜仁慕尼黑官方网站宣布瓜迪奥拉将正式担任2013-14赛季的主教练。 2015年12月20日，拜仁慕尼黑正式宣布瓜迪奥拉将在2015-2016赛季结束后辞职。2013-14赛季，皇家马德里冠军联赛，拜仁冠军联赛半决赛。在2014-15赛季，巴塞罗那欧洲冠军联赛的冠军，拜仁冠军联赛的半决赛。2015-16赛季，冠军联赛皇家马德里队，拜仁冠军联赛的半决赛。
19赛季拜仁在欧冠赛场上打出了出色的表现，小组赛首轮就以3-0大胜本菲卡，最终以5胜1平的骄人成绩拿到小组第一晋级淘汰赛。
在淘汰赛首回合面对利物浦，拜仁在主场与对手战成0-0，次回合则在客场以1-3不敌利物浦遭遇淘汰。尽管未能夺得欧冠冠军，但拜仁表现出色，显示出了强大的实力和竞争实力，为球队和球迷们带来了光明的未来。
在2018-2019赛季的欧冠比赛中，拜仁慕尼黑经历了一场波折不断的旅程。他们在小组赛中取得了4胜2负的战绩，以小组第二的身份晋级。
在16强淘汰赛中，他们遭遇了英超球会利物浦的强劲阻击，以1-3的总比分惜败。最终，拜仁无缘欧冠决赛。尽管如此，他们在本赛季欧冠的表现依然值得肯定。
99年欧冠决赛拜仁是巴斯勒进的球
拜仁首发阵容
门将：卡恩 后卫：巴贝尔
曼联 ：
门将:舒梅切尔 后卫:加里·内维尔
那场比赛中曼联大部分时间被拜仁摁着摩擦，在开场仅仅6分钟的时间里就城门失守。此后扬克尔和绍尔还两中门框，曼联非常被动。曼联80分钟碌碌无为，补时阶段“突然”攻进两球，成就了经典，也帮助曼联夺得了三冠王。
1999年欧冠决赛拜仁慕尼黑1:2负于曼联队、为拜仁慕尼黑进球的队员是马里奥.巴勒斯。
双方阵容:曼联门将舒梅切尔后卫:加里内维尔、罗尼约翰森、雅普斯塔姆、丹尼斯埃尔文、中场:瑞思吉格斯、贝克汉姆、尼基巴特、杰斯普布鲁姆奎斯特、前锋:德怀特.约克、安迪科尔
拜仁慕尼黑:守门员:卡恩、自由人:马特乌斯后卫:马厍斯巴贝、尔、萨穆埃尔库福尔、托马斯林克、迈克尔塔纳特、中场:斯特凡埃森博格、延斯杰里梅斯、前锋:马里奥巴斯勒、扬克尔、亚历山大、齐克勒
欧洲冠军联赛 1998-99
决赛 (巴塞罗那诺坎普体育场, 时间 1999年5月26日, 观众人数 90000)
曼彻斯特联队 2 拜仁慕尼黑队 1
6' 0-1 拜仁慕尼黑队：巴斯勒
90' 1-1 曼彻斯特联队：谢林汉姆
90' 2-1 曼彻斯特联队：索尔斯克亚
曼彻斯特联队(教练： 弗格森)
舒梅切尔; 内维尔, 约翰森, 斯塔姆, 埃尔文,贝克汉姆, 巴特, 吉格斯,
布罗姆奎斯特 (谢林汉姆 1), 约克,科尔(索尔斯克亚 1)
